Γεννήθηκε στις 17 Ιανουαρίου 1939, από πρόσφυγες γονείς. Η οικογένειά του καταγόταν από την Αδριανούπολη της Ανατολικής Θράκης και εγκαταστάθηκε στην Ξάνθη μετά τη Συνθήκη της Λωζάννης. Σε ηλικία 2 ετών, μετά την εμπλοκή της Ελλάδας στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο 1941, η οικογένειά του μετακόμισε για λόγους ασφαλείας στην Αθήνα, όπου ο μετέπειτα Αρχιεπίσκοπος έζησε μέχρι την ηλικία των 35 ετών. Μαθήτευσε στο δημοτικό σχολείο Κοραής και ακολούθως στο Λεόντειο Λύκειο Πατησίων με άριστη επίδοση. Το 1962 έλαβε το πτυχίο της Νομικής σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών με άριστα, και το 1967 αποφοιτά από τη Θεολογική σχολή του ιδίου πανεπιστημίου επίσης με άριστα. Παράλληλα σπούδασε Βυζαντινή Μουσική στο Ωδείο Αθηνών. Το 1982 υπέβαλε τη διδακτορική του διατριβή στη Θεολογική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης με τίτλο «Ιστορική και Κανονική θεώρησις του Παλαιοημερολογητικού ζητήματος κατά τε την γένεσιν και την εξέλιξιν αυτού εν Ελλάδι» και ονομάστηκε διδάκτωρ του Κανονικού Δικαίου με βαθμό άριστα. Ήταν πτυχιούχος της γαλλικής και αγγλικής γλώσσας, γνώστης δε της ιταλικής και γερμανικής γλώσσας. Έχει ανακηρυχθεί Επίτιμος Διδάκτωρ των πανεπιστημίων Κραϊόβας και Ιασίου το 2003 και Λατερανού το 2006.
Το 1957, σε ηλικία 18 ετών, ήταν ήδη ψάλτης στην Αγία Ζώνη Κυψέλης όπου συναντά τον διάκονο Καλλίνικο Καρούσο, μετέπειτα Μητροπολίτη Πειραιώς, ο οποίος λειτουργούσε στον ίδιο ναό. Εκείνος θα του γνωρίσει τον 19χρονο τότε Αθανάσιο Λενή, νυν Μητροπολίτη Καλαβρύτων και Αιγιαλείας Αμβρόσιο. Το 1958 οι τρεις κληρικοί ιδρύουν τη μοναστική αδελφότητα «Χρυσοπηγή» στο Παγκράτι, η οποία ασχολούνταν με φιλανθρωπικές και ανθρωπιστικές δραστηριότητες καθώς και με την οργάνωση κατηχητικών σχολείων. Κείρεται μοναχός στις 16 Μαΐου 1961 στην Ιερά Μονή Βαρλαάμ των Μετεώρων, όπου μόλις είχε εγκατασταθεί η αδελφότητα και στις 17 Μαΐου 1961 χειροτονείται διάκονος στον Ιερό Ναό Αγίων Αναργύρων Τρικάλων. Χειροτονήθηκε πρεσβύτερος το 1965, όταν τοποθετείται ως ιεροκήρυκας στον Ιερό Ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου (Παναγίτσας) στο Παλαιό Φάληρο, όπου έμεινε επί 9 χρόνια. Κατόπιν γραπτών εξετάσεων εισήχθη ως γραμματέας της Ιεράς Συνόδου επί αρχιεπισκοπίας Ιερωνύμου Α και ακολούθως του Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ. Στις 18 Ιανουαρίου 1973 ιδρύεται στο Καπανδρίτι το Συνοδικό Μοναστήρι της Παναγίας της «Χρυσοπηγής», το οποίο υπαγόταν απ' ευθείας στην Ιερά Σύνοδο.
Το 1974 εξελέγη Μητροπολίτης Δημητριάδος και Αλμυρού σε ηλικία 35 ετών, ο νεότερος στην Ιεραρχία. Η ενθρόνισή του έγινε στις 4 Αυγούστου 1974 μέσα σε κλίμα ενθουσιασμού, με επευφημίες και ροδοπέταλα. Έλαβε μέρος σε πολλές εκκλησιαστικές αποστολές στο εξωτερικό. Συνέγραψε πλήθος Θεολογικών και ηθικοπλαστικών κειμένων. Αρθρογράφησε στον εκκλησιαστικό τύπο και σε εφημερίδες. Στις 28 Απριλίου 1998 εξελέγη από την ιεραρχία με μεγάλη πλειοψηφία Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος, σε διαδοχή του μακαριστού Σεραφείμ. Η ενθρόνιση του Αρχιεπισκόπου έγινε στις 9 Μαΐου 1998 στον Μητροπολιτικό Ναό Αθηνών, όπου εξεφώνησε τον επιβατήριο λόγο του.
Ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος ίδρυσε 14 Ειδικές Συνοδικές Επιτροπές για ένα ευρύ φάσμα προβλημάτων της σύγχρονης ζωής, μερικές από τις οποίες είναι για τα εξής θέματα: Βιοηθική (1988), Ακαδημία Εκκλησιαστικών Τεχνών (1999), Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων (1999), Γάμου, Οικογενείας, Προστασίας του Παιδιού και Δημογραφικού Προβλήματος (1999), Χριστιανικών Μνημείων (1999), Θείας και Πολιτικής Οικονομίας και Οικολογίας (1999), Πολιτισμικής Ταυτότητας (1999), Γυναικείων Θεμάτων (1999), Παρακολούθησης των Ολυμπιακών Αγώνων "Αθήνα 2004" (1999), Αθλητισμού (2006), Μεταναστών, Προσφύγων και Παλλιννοστούντων (2006) κλπ.
Κατά τη διάρκεια της αρχιερατείας του έλαβε και τις ακόλουθες πρωτοβουλίες:
* ίδρυσε το 1998 γραφείο αντιπροσωπείας της Εκκλησίας της Ελλάδος στην Ευρωπαϊκή Ένωση, στο Συμβούλιο της Ευρώπης και στην UNESCO, καθώς και ειδική Συνοδική Επιτροπή παρακολούθησης Ευρωπαϊκών Θεμάτων
* συνέστησε το Ίδρυμα Ψυχοκοινωνικής Αγωγής και Στήριξης "Διακονία" το 1999 για την αντιμετώπιση κοινωνικών προβλημάτων με έμφαση στους τοξικομανείς, ενώ παρείχε και κέντρο πρόληψης,
* ίδρυσε τη "Στέγη Μητέρας" το ίδιο έτος για τη στήριξη ανύπανδρων μητέρων και κακοποιημένων γυναικών,
* ίδρυσε το Κέντρο Στήριξης Οικογένειας (ΚΕ.Σ.Ο.) για τη μέριμνα για τα θύματα εμπορίας και παράνομης διακίνησης προσώπων,
* δημιούργησε αλυσίδα βρεφονηπιακών σταθμών για την στήριξη απόρων και πολύτεκνων οικογενειών
* ανέπτυξε το Γραφείο Νεότητας με κατασκηνώσεις, αθλητικές δραστηριότητες, ραδιόφωνο, φοιτητικές συνάξεις, σχολές βυζαντινής μουσικής, συνάξεις και άλλα.
* Από το 2002 λειτουργεί η Αλληλεγγύη, μία μη κυβερνητική οργάνωση της Εκκλησίας της Ελλάδος. Μερικές από τις χώρες που δέχθηκαν την ποικιλόμορφη προσφορά ανθρωπιστικής βοήθειας (τρόφιμα, ρούχα, φάρμακα, τεχνολογικό υλικό, βιβλία και άλλα): Αιθιοπία, Αλβανία, Αρμενία, Αφγανιστάν, Βουλγαρία, Γεωργία, Ερυθραία, Ζιμπάμπουε, Ιορδανία, Ινδία, Ιράκ, Καζακστάν, Λίβανος, Μαυροβούνιο, Μπεσλάν (Β. Οσετία), Ν.Α. Ασία, Νότια Αφρική, Ουζμπεκιστάν, Ουκρανία, Πακιστάν, Παλαιστίνη, Πολωνία, Ρουμανία, Σερβία, Συρία, Τουρκία, Τσεχία. Στο πλαίσιο της «Αλληλεγγύης» εγκαινιάστηκε το 2005 ο ξενώνας «Στοργή» με στόχο να «φιλοξενεί, περιθάλπει, ανακουφίζει και επανεντάσσει στην κοινωνία δεκάδες ταλαιπωρημένες και πληγωμένες γυναίκες και να δεχθεί στους κόλπους του κάθε νέα περίπτωση οικογενειακής ή άλλης βίας».
Επίσης καθιερώθηκε η επιδότηση τρίτου παιδιού στα πλαίσια «προγράμματος στήριξης χριστιανικών οικογενειών της Θράκης» με τη μορφή μηνιαίου επιδόματος 35.000-40.000 δραχμών ανά παιδί ανά μήνα, με θετικά αποτελέσματα προς την κατεύθυνση της αύξησης των γεννήσεων με τον αριθμό «των γεννηθέντων ως τρίτων τέκνων...δι' έκαστον των ετών εφαρμογής αυτού, υπερδιπλάσιο των προ της εφαρμογής του Προγράμματος ετών».. Το πρόγραμμα αυτό συνάντησε ορισμένες αντιδράσεις επειδή δεν δίνονταν στους μουσουλμάνους της περιοχής. Η Ιερά Σύνοδος με επιστολή της απάντησε λέγοντας πως καταβάλλει το επίδομα μόνο στις χριστιανικές οικογένειες επειδή σε αυτές μόνο έχει πρόσβαση αφού αυτές είναι μέλη της, ενώ έθιξε και ζήτημα διαρκούς απραξίας των κατηγόρων του προγράμματος. Σύμφωνα με τα στοιχεία των ληξιαρχείων, το μέτρο της Ιεράς Συνόδου βοήθησε να αυξηθεί η γεννητικότητα των χριστιανικών οικογενειών καθώς οι οικογένειες που απέκτησαν τρίτο παιδί έφτασαν μέσα σε τέσσερα χρόνια τις 800 από περίπου 100.
Επίσης επί των ημερών του έγινε διοργάνωση πλήθους συνεδρίων και ημερίδων, είτε με τη συμμετοχή του, είτε υπό την αιγίδα του, για σειρά σύγχρονων θεμάτων της Θεολογίας, όπως οι αιρέσεις, οι ιερατικές κλίσεις και η κατήχηση. Τέλος αναβαθμίστηκε ο ραδιοφωνικός σταθμός της Ελλαδικής Εκκλησίας, που απέκτησε πρόγραμμα, και εκσυγχρονίστηκαν έντυπα όπως ο «Εφημέριος» και η «Εκκλησία», όπως και εκδόθηκε το περιοδικό «Τόλμη». Αρκετές μητροπόλεις επίσης απέκτησαν τη δική τους ιστοσελίδα, ενώ αξιοποιώντας κοινοτικά κονδύλια εκδίδουν ηλεκτρονικά πιστοποιητικά και έγγραφα.
